《九州海上牧云记》结局牧云笙称帝，寒江被流放，南枯月没有死。合戈登基还没有坐稳皇位，便被虞心忌杀害。南枯明自杀了，一个江山不可能没有皇帝，最终牧云笙称帝，大结局之中没有厮杀的场面，非常的平静。
《九州海上牧云记》电视剧中有感情故事，但是很多人都是以失败而告终。剧中的感情故事，我们不得不讲一下兰钰儿，这里面就他一个人收获了爱情。虽然感情的道路上坦克非常多，但是他得到了穆云德的感情，两个人最终走到了一起，这也是电视剧中唯一的一对情侣。
看完整部电视剧，感觉只有他才是人生赢家，毕竟他有幸福的生活了，有自己的家庭在之后可能还会有自己的孩子。或许有很多观众并不支持他们两个在一起，但是电视剧的结局确确实实是这样。
在剧中唯一的女反派，虽然她没有死，但是却赖上了一个掌柜的，从而慢慢的她变成了一个好人，开始了自己的幸福小日子。有的时候我们在看电视剧可能与我们的想法是不一致的，结局或许我们认为不完美，但是在剧本中我们不得不承认，结局是根据剧情慢慢的顺下来的。我们不能改变任何，只能去慢慢体会就行。
