1、作用不同：有机肥主要是为土壤补充肥力，为作物提供长期的养分供给；而微生物菌剂则不含营养成分，它的主要作用是转化和释放土壤中的营养成分、改善土壤质量、减少有害菌的生长、避免土传病害的发生；
2、用途不同：有机肥主要是在施入基肥时使用，后期追肥使用较少，而菌肥的使用场景比较多，蘸根、拌种、基肥、追肥等都能用到微生物菌剂。
3、注意事项不同：有机肥在使用前需要充分腐熟，当然成品有机肥没有这个担忧，而微生物菌剂、菌肥的使用则要注意光照、温度，不能暴露在阳光下，否则会杀死菌肥中的有效成分，降低肥料的使用效果。
