1、1.先做冻存管准备
可以用圆底硼硅玻璃安瓿管，也可用螺旋口的塑料冻存管，将它们清洗干净，121℃下高压灭菌15~20分钟备用。但要注意玻璃管不能有裂纹。
2、2.做样本保护剂准备
样本保护剂种类要根据微生物类别选择，配制保护剂时，注意其浓度，一般会采用10～20%甘油。
3、3.做微生物保藏物的准备
微生物不同的生理状态对存活率有影响，一般使用静止期或成熟期培养物。分装时注意应在无菌条件下操作。
4、4.预冻
预冻时，一般冷冻速度控制在每分钟下降1℃为好，将样品冻结到-35℃。
5、5.保藏
将冻存管置于气相液氮罐中保藏，一般气相中温度为-150℃，液相中温度为-196℃。液氮罐保存菌种利用的就是微生物在-130℃以下新陈代谢趋于停止的特性，利用液氮蒸发将罐内温度保持在这个范围内，从而有效保存菌种。
