河海大学本部面积占地800余亩。
河海大学校本部位于南京市鼓楼区清凉山北麓。
1986年河海大学在江苏省常州市设立分校，后改为校区。
常州校区是河海大学具有较完整办学功能的重要组成部分，是学校建设高水平特色研究型大学的重要支撑。校区地处江苏省苏锡常经济高速发展地区，位于常州国家高新技术产业开发区，与常州市行政中心比邻，占地436亩。
河海大学江宁校区教学区位于南京市江宁开发区，占地面积863亩，学生生活区占地面积134亩，教职工住宅占地80亩，总面积1077亩。江宁校区临近将军山、秦淮新河，是南京新时期发展的前沿，并与东南大学、南京航空航天大学相邻。
