1、流脓：流脓是患了肛瘘后最主要的症状表现。脓液的多少和性质，与肛瘘的病程长短和类型有关。新瘘较多，老瘘较少。如果脓液突然增多，则表示有新增的瘘管形成。
2、疼痛：瘘管畅通无炎症时通常不会感到疼痛，只感觉是局部发胀和不适，行走或活动较剧烈时感觉疼痛加重。相反，当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，疼痛明显，尤其是排便和活动时，会出现剧烈的疼痛。
3、瘙痒：由于流出的脓性粘液不断刺激肛门周围皮肤，会出现瘙痒、肛门部潮湿不适、有时会形成湿疹等症状。
4、全身症状：肛瘘反复发作，可能会出现不同程度的发热、或伴有贫血、体虚、排便困难等症状。
