1、思明校区是厦门大学主校区，网上所传的“最美校园”也指的是思明校区。主要包含了主要行政部门和人文社科相关的学院，比如经济学院、管理学院、人文学院、法学院、新闻传播学院、、艺术学院、数学学院化学院等等。
2、翔安校区主要是工科学院，学校近年来也不断将工科类学院从思明迁入翔安，如今年刚搬入的电子信息学院本科。校区主要有海洋学院、航空航天学院、能源学院、医学院、药学院、公共卫生学院、生命科学学院、环境生态学院等，多个国家级科研平台以及实验室也在该校区建立。
3、漳州校区主要面对国际交流合作和技术人才培养，主要有创意与创新学院、国际学院、产业技术研究院、古雷石化研究院、嘉庚学院等。
4、马来西亚分校为厦门大学在马来西亚雪兰莪州沙叻丁宜开办的分校，单独招生，面向当地学生以及国内高考生。开设有人文学院、医学院、经济学院、计算机学院、工学院等五个学院。
