1、 二楼检票后，首先看到的是“起源之谜”。该馆区主要介绍了人类探索宇宙和生命起源的过程。
2、 在“起源之谜”馆区内沿着楼梯而下，便能看到“生命长河”馆区内的动物标本，里面动物种类繁多，有飞鸟走兽，也有海洋生物，也包括了远古生物：恐龙，猛犸象等。
3、 从“生命长河”（1楼）继续往下走到地下一层（B1），展示的是“演化之道”。此展馆展示了很多化石，演示了人类和多种动物的演化过程。
4、 再往下走是地下二夹层（B2M)，此层展馆是“上海故事“，展现了上海的变迁。
5、 继续往下是地下二层（B2），主要有五个展馆：“大地探珍”，“缤纷生命”，“生存智慧”，“人地之缘”和“生态万象”。
“大地探珍”显示了很多矿石，此馆内还有个探索中心，有挖恐龙化石（1.3米以下儿童参加），但要提前预约的；“缤纷生命”显示了很多物种。
