1、先将基因家族的蛋白质序列整理并导入MEGA软件
2、然后再通过Align by Muscle的方法，将蛋白质的序列进行比对
3、将比对好的结果另存为如图格式，方便下一步利用PAUP建树
4、将保存的文件XXX.nexus格式，导入PAUP软件中
5、这次暂时只介绍NJ建树法。
导入后，首先确定外群的名字，假如外群为>PT1，那么输入
outgroup PT1 按下回车（注意outgroup后有英文的空格）
6、然后按下命令行
Set criterion=distance 回车
再按下命令行
Bootstrap search=nj nreps=1000 keepall 回车
然后
contree 回车
这时候会出现进化树的图，如下图所示
7、最后一步保存，Savetrees from=1 to=1000，然后就会保存在桌面了，为XX.tre格式
8、最后用ITOL在线网站http://itol.embl.de/login.cgi ，处理XX.tre图，以获得自己最理想的图形。ITOL功能很强大哦，能做出各种组合图，可以加上各种颜色的。
