1、如选择了仲裁，就不能到法院进行诉讼，即你自己已放弃了诉讼的权利。仲裁充分尊重当事人的意愿，是否运用仲裁方式解决纠纷、到哪家仲裁机构、由谁来主持纠纷的解决等，都可以由当事人来自主选择，主持纠纷解决的仲裁员都是各行业的专家学者。诉讼则实行级别、地域管辖，审判庭的组成也由人民法院指定
2、机构不同，仲裁委是由人民政府组织有关部门（法制局）和商会统一组建，其监督机构是中国仲裁协会，其仲裁员大多是律师和政府机构人员兼职从事；法院的机构是国家法律的审判机构。简单地说，仲裁就是双方当事人在订立合同就约定以后出现纠纷时叫某仲裁机构做“娘舅”，一旦裁定对双方都有法律效力。
3、受案范围不同，仲裁只能受理民事纠纷，而法院是可以受理刑事、行政诉讼的案件。
4、程序不同，仲裁是一裁终局的，申请撤销时法院不会从实体处理中审查，如程序中有明显错误时可以撤销。诉讼如对一审不服还可以上诉，二审不服可在二年内申请再审，法院有相关的法定监督机构和救济程序。
5、仲裁庭审理案件具有“保密性”，案情不公开，裁决不公开。人民法院实行案件公开审理原则，但依法不应公开审理的除外。
6、收费不同，仲裁费没有规定可以减交、缓交、免交，法院有规定。
